A farmácia hospitalar da Santa Casa de Misericórdia de São Sebastião do Paraíso é um setor de abrangência assistencial, técnico-científica e administrativa. Onde se desenvolvem atividades ligadas à seleção, armazenamento, controle, dispensa e distribuição de medicamentos e correlatos às unidades hospitalares. Possui o horário de funcionamento de 24 horas, a fim de proporcionar o atendimento ininterrupto aos pacientes internos e ambulatoriais. Também tem como objetivo garantir o uso seguro e racional dos medicamentos que serão prescritos pelo profissional médico.
A farmácia conta com a rastreabilidade de medicamentos, ambiente climatizado para a armazenagem, prescrição médica eletrônica e dispensação de materiais e correlatos conforme o horário de medicação. Possui 18 colaboradores e presença do farmacêutico durante todo o horário de funcionamento.